מפקד במלחמת העצמאות
זמן קצר לאחר מכן התגייס אריק לשירות פעיל. 
תחילה היה מפקד כיתה בחטיבת "אלכסנדרוני". עד מהרה גילו מפקדיו ופקודיו את תכונותיו הצבאיות שנודעו ברבים בשנים הבאות. שרון היה מפקד שקט ורגוע. עוד כשהיה מפקד כיתה שם לב כי פקודיו נצמדים אליו, ומחכים למוצא פיו. מקור מנהיגותו היה מהחיילים. הם שאבו ממנו אומץ וביטחון, והוא מצדו, כיוון שידע שהם בוטחים בו וסומכים עליו, חש אחריות, קיבל ביטחון והשרה אותו על אנשיו (נאום).

25 שנים אחר כך, במלחמת יום כיפור, היו חיילים מחזיקים פיזית בחולצה שלו. הם רצו לגעת בו בתוך הטירוף שהתחולל, הם הקשיבו לקולו השקט והבוטח ברשת הקשר, וקיבלו ביטחון וכוח. 


שרון חייל צעיר.

תוך כדי הקרבות במלחמת העצמאות הוא התקדם ממפקד כיתה לסמל המחלקה, ואחר כך למפקד המחלקה. כבר כסמל הוביל אריק בליל גשם וסערה את ההתקפה על ביר עדס, שעל שרידיו הוקמה שכונה בהוד השרון. בהתקפה זו השתתף כוח צבאי עיראקי, וכך נכתב באחד העיתונים: "מעשה באחד בחורון מכפר מל"ל, מפקד כיתה, שפעל בעורף האויב, ופעם נכנס – לאור היום! – לביר עדס שהתקיפה את מגדיאל. 'שד משחת', נוצצות עיני מפקדו. 'אריק זה, שומע אתה, הלך לבדו בין ג'לג'וליה וקלקיליה בהרים'".

בשלהי מאי 1948, כשבועיים לאחר הקמת המדינה, נשלחה חטיבה 7 שזה עתה הוקמה אל החזית. הכוונה הייתה לתקוף בלילה את לטרון. המטרה הייתה לפתוח את הדרך לירושלים הנצורה. אל חטיבה 7 צורף גדוד ותיק ומנוסה שבו שירת אריק, גדוד 32 של "אלכסנדרוני". אריאל שרון הוביל את מחלקת החוד ואת ההתקפה החטיבתית כולה. שרון ומחלקתו הגיעו לוואדי שמתחת ליעד. הערפל התפזר והכוח נחשף, אש מקלעים יעילה ניתכה מהיעד. ההתקפה נכשלה. 

שרון נפצע קשה בבטנו מכדור מקלע. 15 הרוגים היו במחלקתו, 11 פצועים וחמישה שבויים. ארבעה אנשים בלבד ממחלקתו לא נפגעו כלל בתום הקרב הנורא. שרון עצמו נותר פצוע בשדה הקרב, וניצל בנס. מה שעבר על שרון בלטרון השפיע עליו עמוקות. (ציטוט) הפצועים שנשארו מאחור נחרתו בו. הכלל שקבע כמה שנים אחר כך כמפקד הצנחנים, אותו ערך שהונחל אחר כך לצה"ל כולו, שאין מפקירים פצועים, מקורו באותו יום לוהט בלטרון, עת הוא עצמו נותר פצוע בודד בשטח. רק לאחר שעות של הפגזה, שבהן לא היה אפשר לפנות את הנפגעים, הצליחו החובשים לחבור לפצועים ולפנותם. תחילה פונו לחולדה, ומשם פונו הנפגעים לבית החולים הארעי במזכרת בתיה. בית החולים זה מוקם בבניין בית הספר, שהתלמידים הועברו ממנו למבנה זמני. אנשי המושבה עקבו בדאגה גדלה והולכת אחר האמבולנסים ושאר כלי הרכב הצבאיים שהביאו את הפצועים מלטרון. אריק היה בהכרה, ולימים סיפר: "שיירת כלי הרכב נעצרה ליד בית הכנסת (הסמוך לבית הספר) ונשות המושבה הגיעו עם כדים של חלב ונתנו לפצועים לשתות. מאחר שהייתי פצוע בטן, אסרו עליי לשתות. המראה הזה של נשות המושבה המשקות חלב את הפצועים מלווה אותי תמיד". ואכן, בני מזכרת בתיה שהתגייסו בשנות ה-50 לצנחנים, כמו יואב שחם שנפל בקרב בסמוע בשנת 1966, נהגו לספר כי אריק חזר והעלה בפניהם בהתרגשות את קורותיו כפצוע במושבה הדרומית.

לאחר שחרורו מבית החולים חזר שרון להשתתף בקרבות. הוא קודם ומונה למפקד פלוגת הסיור של חטיבת "אלכסנדרוני". לאחר המלחמה, בשנת 1949, מונה שרון למפקד סיירת גולני. בשנת 1951 מונה לקצין המודיעין של פיקוד המרכז, ואחר כך לקצין המודיעין של פיקוד הצפון. בספטמבר 1952, כאשר איתו קצין אחד בלבד ממודיעין הפיקוד, לקח שרון בשבי שני חיילים ירדנים לצורך החלפת שבויים ישראלים שהוחזקו בירדן. בעקבות הפעולה כתב לו אלוף פיקוד הצפון משה דיין: "קבל את הערכתי הרבה לפעולתכם אתמול בשביית שני חיילי הלגיון. גם סוסי מלחמה ותיקים זוקפים אוזניהם, לתבונה וההעזה הרבה שבביצוע אישי זה. אין כמוכם!"

בסתיו 1952 השתחרר שרון מהצבא, והחל ללמוד היסטוריה של המזרח התיכון באוניברסיטה העברית בירושלים. במקביל שירת כמפקד גדוד חי"ר במילואים בחטיבת ירושלים. במרס 1953 התחתנו אריק ומרגלית צימרמן (גלי).